Дим чесно сказать я нифига не понял,что там надо настраивать с дисками в этом вайне. Если не трудно объясни на пальцах,что нужно,чтоб запустить приложения windows ? И еще,почему некоторые приложения хоть и с ошибкой,но запускаются,а другие вообще никак не реагируют ?Может и не в дисках проблема, но в настройках, во вкладке "диски" должны быть настроены все необходимые этой проге диски или тома. Если ничего не понятно, можно проросто нажать кнопку "авто(чего-то)", для автоконфигурирования, правда толку от этого врядли будет. Что за прога кстати?
Можно поискать пошаговые инструкции для чайников в гугле, их можно быстро найти поиском картинок, т.к. суровые линуксойдовые отличаются почти полным их отсутствием. Конечно лучше именно их читать и понимать
http://opennet.ru/docs/RUS/wine_guide/.
Некоторые проги могут не запускаться по многим причинам. Тут уж помогут мозг, гугл,
http://appdb.winehq.com/ (база данных со статусом работы программ), irc канал #ubuntu-ru(как туда попасть можно узнать на сайте убунты),
http://wiki.winehq.com и форумы, если проблемы сложные.