Misha, ах да, точно, там же ещё read. Сейчас ещё подумаю.
DominaN, подал бы человеку хороший пример, объяснил, как лучше сделать в его случае.

aNNiMON, короче получается задача простыми словами такая:
вызвать функцию другого потока без блокировки первого и возвратить результат с ожиданием выполнения той функции

Misha, вот, набросал пример на Java SE, думаю разберёшься с принципом работы.
По-сути, ты почти всё правильно делал, только вместо interrupt надо вызывать метод join, который ждёт завершения потока.
Тьфу ты, без блокировки текущего надо? Пошел опять думать

aNNiMON, а что, если приостановить работу скрипта, сохранить позицию и дать задачу WinFile возобновить его? да яж гений!)
P.S. сейчас посмотрю)
я думаю, что нереально так сделать... потому, что Thread не дает запускать функции. легче уже намудрить с тем, что я написал выше)

Misha, держи, готово. С ООП можно всё.

aNNiMON, спасибо) не зря заранее плюс поставил сейчас только разберусь

Misha, тебе немного придётся поменять сигнатуру методов, но работает 100%.

получилось то, что я хотел плюс перенес read в отдельный поток.
теперь главная программа (script.mwp) умеет читать и записывать в файлы текст есть 1 баг, но я знаю как исправить - при записи с помощью DataOutputStream, записывается вначале файла инфо о тексте, и без неё DataInputStream.readUTF() не читает) думаю потом сделать проще все и без DOS и DIS

Misha, набор
в одном методе - быдлокод редкостный. Используй throws:
public Object callFunction(String f,Vector arg) throws Exception{

aNNiMON, я может что-то не понимаю, но я сначала закинул try{}catch(){} на весь метод и понял очень трудно улавливаемый баг
когда я делал substring(..) на короткие строчки, выбрасывало полностью, даже не посмотрев другое...
тут я понял, что надо сделать отдельно, примерно так
P.S. про throws я знаю из JavaSE