спасиб.

Почему когда открываешь файл из ФС при readOnlyFlag=true этот файл обнуляется?

а может ли функция openDataOutputStream обнулить файл?

garfild63, конечно может, ведь это запись.

Как избежать утечки памяти из-за использования split? У меня до 450 мб теряется

Потому что объекты. На каждой итерации ты создаёшь по 50 строк-объектов. А таких итераций у тебя 1 миллион.
Для такого синтетического примера можно попытаться интернировать строку «0» - объект будет один, что снизит объём используемой памяти.

RooMeN, есть подозрение, что line.split в цикле каждый раз выделяет новый массив в памяти, а потом возвращает на него указатель в list. Так что всё правомерно: 100000 массивчиков наверняка где-то 400 Мб и занимают.

Когда теряется ссылка на объект, разве он не удаляется сборщиком мусора?

RooMeN, удаляется. Но в процессах винды не факт, что показывается реальное положение вещей. Попробуй средствами Java вывести количество занимаемой памяти.
И добавь паузу хотя бы в пару мс в цикл с update, иначе поток будет нагружать систему, потому и ЦП большой.

RooMeN, вопрос в том, когда запустится сборщик. Он может запуститься, к примеру, когда памяти не будет хватать, а до той поры мусор останется висеть в памяти.