Если приложение не модульное, то есть не содержит module-info.class, то при запуске в Java 9 будет "включен" только модуль java.se. Класс javax.xml.bind.JAXBException находится в модуле java.xml.bind, который по умолчанию не включен. Нужно "включить" модуль, добавив при запуске параметр