Я хз о чем ты, но если это спринг, то можешь в любой компонент в метод @PostConstruct или @EventListener(ApplicationReadyEvent.class) запихнуть логику по обновлению таблицы. Такоая себе самодельная миграция. Ну либо смотри библиотеки для миграций (советую Flyway если это SQL).
Ну и не нужно юзать гибернейт, если есть spring-data - создал интерфейс-репозиторий, и все готово.
Вот нет никаких таблиц, запустился сервер и если таблиц нет, он создаёт их и заполняет заведомо данными. Если они уже существовали(таблицы), то ничего не делать