Сколько гуглил, все варианты собирают проект gradle упаковывая зависимости вместе с исходным кодом в один jar. И вес выходит около 30мб. Каждый раз выгружать столько на удалённое место - проблема. Когда сам программы весит от силы 30кб.

Вот какой сейчас gradle в начале файла:

Открыть спойлер

Закрыть спойлер

[копировать] [скачать]

1. plugins {
2.     id 'java'
3.     id 'application'
4.     id 'eclipse'
5. }
6.  
7. mainClassName = 'com.wdeath.prog.Main'
8.  
9. group 'com.wdeath.prog'
10. version '0.1'
11.  
12. sourceCompatibility = "12.0.1"
13.  
14. compileJava.options.encoding = 'UTF-8'
15.  
16. tasks.withType(JavaCompile) {
17.     options.encoding = 'UTF-8'
18. }
19.  
20. repositories {
21.     mavenCentral()
22. }
23.  
24. task fatJar(type: Jar) {
25.     manifest {
26.         attributes 'Implementation-Version': version,
27.                    'Main-Class': mainClassName
28.     }
29.     baseName = project.name + '-all'
30.     from { configurations.compile.collect { it.isDirectory() ? it : zipTree(it) } }
31.     with jar
32. }

Собираю командой fatJar

Как сделать так, что бы после выполнения команды fatJar или иной какой-то я получал
И запуская prog-1.0.jar подключались из libs библиотеки

P.S. Гуглил я, гуглил, но ничего не помогает. Все в один пакуют

делай зависимости `compileOnly`, тогда они не попадут в основной модуль, а сами либы собирай в отдельные jar. И тогда подключай их через мавен репозиторий (возможно локальный, если не хочешь публиковать либы). Но если причина лишь в экономии траффика, то лучше забей, это экономия на спичках и лишние проблемы. Если прям сильно хочешь экономить, то храни гит репозиторий прямо на сервере, и в команду `push` добавь триггер на билд и деплой. Получится мини continious integration В таком случае на сервер уйдут считанные килобайты