Нужно в spring запустить поток для ботов в отдельных потоках на приём сообщений. Бины то я создал отвечающие за приём, обработку. А вот запустить потоки нужно уже в каком-то месте, тогда, когда все бины приложения созданы, всё проинцилизировалось и тут я, например, где-то создал класс с анатацией @Process и там есть метод run() и он его выполнит, после инициализацией приложения