В общем, это NetBeans.. исправляется так: Заходим в свойства проекта (ПКМ по названию-Свойства), вкладка Выполнение (Run) и в Тип консоли выбираем Стандартные выходные данные. Вывод будет осуществляться в ту же вкладку, куда пишется информация о сборке, без открытия дополнительной.
NetBeans.PNG
(5.81 кб.)
Что это может быть? Специфика работы в окружении cygwin?