Если под «блок-схемами» ты имеешь в виду просто графическое представление алгоритма, а не конкретно блок-схемы по ГОСТ/ANSI/ISO, то советую попробовать PlantUML. Она предназначена для генерации диаграмм по стандарту UML (именно генерации — в нём нет графического редактора, вместо этого используются специализированный язык), в твоём случае необходимы только диаграммы деятельности (activity diagram). PlantUML отлично работает в связке с редактором Atom.